En six ans, 70 camarades des promotions 38 à 43 incluses sont morts pour la France, en outre une centaine au moins d’autres élèves ont eu une conduite de résistants, y compris la vingtaine d’élèves qui se sont évadés de France pour gagner l’Angleterre ou l’Afrique du Nord. En revanche, aucune manifestation collective de la part des élèves, ni, sauf rares exceptions, incitation d’origine polytechnicienne à rejoindre la Résistance intérieure ou extérieure. Le refus d’accepter l’état de fait, le devoir de s’engager ne ressortit que d’ initiatives individuelles.
En octobre 1945, après le retour d’une soixantaine d’élèves prisonniers et d’une quarantaine d’élèves de toutes promotions - qui avaient passé plusieurs années dans les forces armées françaises ou alliées -, 770 élèves sont regroupés à Paris dans une École redevenue militaire, que commandera par la suite le général BRISAC (X1919S). Entre temps, les quelque 150 élèves mobilisés ont été soit dirigés sur l’école d’officiers de Cherchell (Algérie), soit affectés rapidement à des unités en tant que sous-officiers, après examen de leur conduite par une commission mixte Saint-Cyr/Polytechnique, présidée, pour les saint-cyriens, par le général Brocard, et pour les X par le général BRISAC.
Comme le leur a enjoint le général de Gaulle, il s’agit de statuer sur "les éventuelles participations des écoles de Saint-Cyr et de Polytechnique à des opérations en faveur des armées et des services d’occupation ou de complicité d’actions présentant le caractère de crime de guerre" . Aucun X n’est sanctionné. En revanche le sous-gouverneur de TARLÉ (X1913) est exclu de l’armée.
A la Libération, la Haute Cour de Justice eut à statuer sur les ministres de Vichy, dont dépendait l’École, notamment :
> Paul BAUDOUIN (X1914), premier ministre des affaires étrangères de Pétain. Il est condamné par jugement du 3 mars 1947 à cinq ans de travaux forcés, à l’indignité nationale à vie et à la confiscation de ses biens (peine commuée en 1949 à cinq ans d’indignité nationale).
> Jean BERTHELOT (X1919S) est condamné par jugement du 10 juillet 1946 à deux ans de prison, 10000F d’amende et dix ans d’indignité nationale.
> Robert GIBRAT (X1922) est condamné par jugement du 12 mars 1946 à dix ans d’indignité nationale.
> le cas de Jean BICHELONNE (X1923) est examiné par la Haute Cour le 5 septembre 1945 qui constate l’extinction de l’action publique (“mort avant le jugement”) : en effet, devenu, avec Déat, Bonnard et Brinon un des quatre derniers ministres ultra-collaborateurs de la fin du régime de Vichy, il arrive en juillet 1944 à Sigmaringen, "siège" allemand de ce qui subsistait de l’État Français, et décède fin décembre lors d’une intervention chirurgicale dans un hôpital S.S. de Prusse Orientale.